Kebiasaan mengkonsumsi makanan jajanan sangat populer di kalangan anak-anak sekolah. Kebiasaan tersebut sangat sulit untuk dihilangkan. Anak usia Sekolah Dasar cenderung tidak selektif dalam memilih jajanan yang bersih dan sehat. Bakteri merupakan salah satu pencemar yang berpotensi dalam kerusakan makanan dan minuman. Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi dan mengidentifikasi bakteri Salmonella sp yang berasal dari makanan jajanan Sekolah Dasar di Banda Aceh. Penelitian telah dilakukan di Laboratorium Mikrobiologi Fakultas Kedokteran Universitas Syiah Kuala, sejak Desember 2011 hingga April 2012. Sampel yang digunakan dalam penelitian ini adalah 30 makanan jajanan yang diambil dari 10 sekolah berbeda menggunakan metode Simple Random Sampling. Metode yang digunakan adalah pengamatan langsung. Penelitian ini menggunakan media Salmonella Shigella Agar, serta identifikasi dengan pewarnaan gram dan uji biokimiawi. Data hasil penelitian dianalisis secara deskriptif. Hasil penelitian menunjukkan bahwa dari 30 sampel yang diuji, terdapat 18 sampel terkontaminasi Salmonella sp. Sehingga tidak memenuhi syarat kesehatan menurut Standar Nasional Indonesia (SNI) 7388 : 2009, dan Departemen Kesehatan tahun 2004. Kata Kunci : Salmonella sp, makanan jajanan, sekolah dasar, Salmonella Shigella Agar