//
AMPLIFIKASI GEN DNA POLIMERASE DARI BAKTERI TERMO-HALOFILIK PRIA LAOT SABANG (PLS) A |
|
BACA FULL TEXT ABSTRAK Permintaan Versi cetak |
|
Pengarang | DIANA EKA PUTRI - Personal Name |
---|---|
Abstrak/Catatan Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengamplifikasi gen DNA Pol I dari bakteri termo-halofilik Pria Laot Sabang (PLS) A dengan teknik gene walking. Amplifikasi dilakukan dengan metode PCR menggunakan enam pasang primer, yaitu FP4-RP4, FP4-RP5, FPK-RPB, FP3-RP2, FP5-RP1 dan FP1-RP4. Dari semua primer, hanya empat pasang primer yang menghasilkan amplikon, yaitu FP4-RP5, FPK-RPB, FP3-RP2 dan FP5-RP1 dengan suhu annealing masing-masing 67,5, 62,9, 60,5 dan 68,2°C. Ukuran gen ketika diamplifikasi menggunakan FP4-RP5 dan FPK-RPB primer adalah 1216 bp (fragmen forward), sedangkan ketika menggunakan FP3-RP2, FP5-RP1 dan FPK-RPB primer adalah 1192 bp (fragmen reverse). Fragmen gabungan menghasilkan gen berukuran 2408 bp, yang sekitar 300 bp lebih kecil dari gen DNA Pol I utuh. Analisis homologi dari fragmen forward menunjukkan bahwa PLS A memiliki kekerabatan terdekat dengan Bacillus caldolyticus strain NEB414 (kemiripan 99%). Ketika fragmen reverse digunakan, PLS A memiliki kekerabatan terdekat dengan Geobacillus thermoleovorans CCB_US3_UF5 (kemiripan 97%). Ketika fragmen gabungan digunakan, PLS A memiliki kekerabatan terdekat dengan Bacillus caldolyticus strain NEB414 (87% kesamaan). Analisis pohon filogenetik menggunakan fragmen forward menunjukkan bahwa PLS A memiliki kekerabatan terdekat dengan Bacillus caldolyticus strain NEB414. Bila menggunakan fragmen reverse dan kombinasi kedua fragmen, PLS A memiliki kekerabatan terdekat dengan Bacillus caldolyticus strain XM. Prediksi struktural menggunakan Swiss Model menunjukkan bahwa DNA Pol I yang diterjemahkan dari fragmen forward adalah bagian dari domain eksonuklease 5' ke 3' dan memiliki kesamaan struktural dengan Thermus aquaticus. DNA Pol I yang diterjemahkan dari fragmen reverse adalah bagian dari domain polimerase dan memiliki kemiripan struktural dengan Geobacillus stearothermophilus. Amplifikasi lengkap gen utuh DNA Pol I masih diperlukan agar struktur protein dapat diterjemahkan sepenuhnya. | |
Tempat Terbit | |
Literature Searching Service | Hard copy atau foto copy dapat diberikan dengan syarat ketentuan berlaku, jika berminat, silahkan isi formulir online (Chat Service LSS) |
Share Social Media | |
Tulisan yang Relevan SKRINING ANTIBIOTIK DAN IDENTIFIKASI GEN 16S RRNA DARI BAKTERI TERMO-HALOFILIK ISOLAT PRIA LAOT SABANG (PLS) 76 (Amelya Yolanda, 2018) |
|
Kembali ke sebelumnya |