Omega-3 merupakan asam lemak tidak jenuh yang tergolong dalam asam lemak esensial. Saat ini ikan adalah satu komoditas yang banyak digunakan untuk menghasilkan omega-3 akan tetapi kelangkaan ikan mengakibatkan ikan susah didapatkan dan harga semakin mahal, adapun salah satu solusinya dengan menggunakan mikroalga. Mikroalga merupakan tumbuhan air yang berukuran mikroskopik yang sangat berpotensi dikembangkan diindonesia salah satunya di daerah perairan Aceh Jaya. Penelitian ini bertujuan untuk melakukan eksplorasi biodiversity, identifikasi serta isolasi mikroalga yang berpotensi sebagai penghasil omega-3 di daerah pesisir hutan bakau Kabupaten Aceh Jaya yang berpotensi sebagai penghasil omega- 3. Penelitian dilakukan dengan pengambilan daun bakau yang gugur dan tenggelam di dalam air di muara sungai di tiga lokasi yaitu Lamno (Aceh Jaya), Layeun (Aceh Besar), dan Lhoong (Aceh Besar), kemudian diisolasi dan inkubasi 2 hari dan dimurnikan. Dari hasil eksplorasi diduga terdapat dua famili mikroalga yang berhasil di identifikasi berdasarkan morfologinya yaitu Chlorellaceae dari daerah Lamno, Dunaliellaceae dari pesisir Lhoong dan Layeun. Kata Kunci: Mikroalga, Omega-3, Chlorella sp., Dunaliella sp.