ABSTRAK Ikan kakap (Lutjanus sp.) merupakan salah satu sumber daya ikan laut yang memiliki aktivitas gerak yang relatif rendah, membentuk gerombol yang relatif tidak terlalu besar. Sifat yang demikian menyebabkan ikan ini rawan terhadap berbagai penyakit dan pengaruh lingkungan. Aeromonas sp. adalah bakteri patogen yang bersifat sangat ganas yang dapat menimbulkan kematian pada ikan. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi spesies bakteri patogen pada ikan kakap secara molekuler menggunakan analisis gen 16S rRNA. Sampel yang digunakan pada penelitian ini adalah isolat bakteri patogen pada ikan kakap yang telah di isolasi sebelumnya asal perairan Banda Aceh yang telah tumbuh secara baik pada media nutrien broth (NB) sebanyak 1,5 ml. Data hasil isolasi DNA, amplifikasi gen 16S rRNA, dan data sekuen nukleotida hasil sekuensing dianalisis secara deskriptif. Hasil dari penelitian ini isolat BPK 1 dan BPK 2 berhasil diisolasi DNA dan diamplifikasi gen 16S rRNA. Berdasarkan analisis BLASTN dan konstruksi pohon filogenetik isolat BPK 1 dan BPK 2 merupakan jenis bakteri yang berbeda. Dengan demikian dapat disimpulkan bahwa Isolat BPK 2 memiliki kemiripan dengan Aeromonas sp. dengan persen kemiripan 96,69%, sedangkan isolat BPK 1 memiliki kemiripan dengan Aeromonas salmonicida, namun hanya memiliki persen kemiripan 85,88%, sehingga isolat tersebut disarankan untuk diteliti lebih lanjut terkait dengan kebaruannya. Kata Kunci : Aeromonas sp., perairan Banda Aceh, ikan kakap (Lutjanus sp.), gen 16S rRNA ABSTRACT Snapper (Lutjanus sp.) Is one of the marine fish resources which has relatively low movement activity, forming relatively small groups. Such properties make this fish vulnerable to various diseases and environmental influences. Aeromonas sp. are pathogenic bacteria that are very malignant which can cause death in fish. The aim of this study was to molecularly identify pathogenic bacterial species in snapper using 16S rRNA gene analysis. The samples used in this study were isolates of pathogenic bacteria in snapper fish that had been previously isolated from Banda Aceh waters which had grown well on 1.5 ml nutrient broth (NB) media. Data from DNA isolation, 16S rRNA gene amplification, and nucleotide sequence data were analyzed descriptively. The results of this study were DNA isolates and BPK 2 were successfully isolated and amplified by the 16S rRNA gene. Based on BLASTN analysis and phylogenetic tree construction, isolates BPK 1 and BPK 2 were different types of bacteria. Thus it can be concluded that the BPK 2 isolate has similarities with Aeromonas sp. with 96.69% similarity percent, while the BPK 1 isolate had similarities with Aeromonas salmonicida, but only 85.88% similarity percentages, so that the isolate was suggested to be further investigated in relation to its novelty. Keywords: Aeromonas sp., Banda Aceh waters, snapper (Lutjanus sp.), 16S rRNA gene