Anggaran berbasis kinerja bertujuan untuk menunjukkan keterkaitan antara pendanaan dengan kinerja yang akan dicapai, meningkatkan efesiensi dan transparansi dalam penganggaran, meningkatkan fleksibilitas dan akuntabilitas unit dalam melakksanakan tugas dan pengelolaan anggaran. Penelitian ini bertujuan untuk: (1) Mengetahui sistem penerapan anggaran berbasis kinerja dalam pengelolaan keuangan daerah pada Satuan Kerja Perangkat Aceh (SKPA) dan (2) Mengetahui kendala yang dihadapi dalam penerapan sistem anggaran berbasis kinerja dalam pengelolaan keuangan daerah Aceh. Penelitian ini menggunakan pendekatan kualitatif dan jenis penelitian deskriptif. Populasi dalam penelitian ini adalah seluruh (42) Satuan Kerja Perangkat Aceh (SKPA) yang merupakan penyelenggara kegiatan pemerintahan untuk mengelola keuangan daerah. Sampel dalam penelitian ini adalah keseluruhan populasi (total sample). Pengumpulan data menggunakan teknik wawancara terstruktur. Data dianalisis secara kualitatif. Hasil penelitian menunjukkan bahwa: (1) Sistem penerapan anggaran berbasis kinerja dalam pengelolaan keuangan daerah pada Satuan Kerja Perangkat Aceh (SKPA) telah sesuai dengan peraturan yang berlaku baik dari RPJMA yang mengacu pada RPJN hingga proses akhir terlahirnya DPA SKPA serta dengan Laporan Kinerja Pemerintah Aceh dan (2) Kendala yang dihadapi dalam penerapan sistem anggaran berbasis kinerja dalam pengelolaan keuangan daerah Aceh ada yang bersifat internal seperti keterbatasan Sumber Daya Manusia (SDM) di bidang anggaran dan eksternal seperti reward dan punishment dari pemerintah daerah untuk meningkatkan kinerja para pegawainya. Simpulan: (1) Sistem penerapan anggaran berbasis kinerja dalam pengelolaan keuangan daerah pada Satuan Kerja Perangkat Aceh (SKPA) telah sesuai dengan peraturan yang berlaku (2) Kendala yang dihadapi dalam penerapan sistem anggaran berbasis kinerja dalam pengelolaan keuangan daerah Aceh ada yang bersifat internal maupun eksternal. Kata Kunci: Penerapan Anggaran, Berbasis Kinerja, Pengelolaan Keuangan Daerah