Analisis Generalized Estimating Equations (GEE) merupakan salah satu metode yang digunakan untuk menganalisis jenis data longitudinal dengan permasalahan data yaitu terdapat korelasi di antara variabel terikat. Metode GEE tidak membutuhkan asumsi khusus (seperti asumsi normalitas dan independensi) dan memiliki kelebihan dapat menganalisis data longitudinal secara lebih sederhana. Implementasi metode GEE Logistic Regression dalam penelitian ini dilakukan pada data sekunder yang berasal dari survei gizi remaja di Kota Banda Aceh tahun 2018 dan 2019, dengan tujuan untuk menganalisis faktor apa saja yang memengaruhi status gizi remaja di Kota Banda Aceh. Data penelitian ini terdiri atas 14 variabel dengan jumlah amatan sebanyak 100 amatan. Metode analisis yang digunakan terdiri dari analisis deskriptif berupa ringkasan statistik dan plot mosaik, serta analisis inferensia berupa pemodelan data penelitian ini menggunakan metode GEE Logistic Regression. Hasil yang diperoleh dari pemodelan menggunakan GEE Logistic Regression dengan struktur korelasi exchangeable menunjukkan bahwa variabel jenis kelamin, pekerjaan ayah, pendapatan orang tua, frekuensi makan nasi dan skor pengetahuan secara signifikan berpengaruh terhadap status gizi remaja. Kata kunci: status gizi remaja, analisis data longitudinal, GEE Logistic Regression