Abstrak, Penelitian ini merupakan pelestarian dan pengembangan plasma nutfah padi Aceh. Siupai adalah salah satu padi yang berasal dari bagian Barat-Selatan. Varietas ini kurang diminati oleh petani karena berumur dalam, arsitektur tinggi dan rentan terhadap penyakit, namun sigupai membawa gen Fragrant yaitu aroma pandan wangi. Pemanfaatan program pemuliaan dapat memperbaiki kualitas varietas dengan melakukan metode persilangan dengan varietas introduksi Yinzhan yang membawa gen Xa27 sebagai donor gen tahan Xanthomonas. Pengembangan marka molekuler yang terkait (linkage) dengan karakter-karakter kualitas atau yang disebut dengan pendekatan QTL (Quantitative Trait Loci) untuk karakter kualitas, berpotensi sebagai jalan untuk merakit kultivar yang memiliki kualitas unggul. Analisis gen dengan pemanfaatan marker molekuler dapat menganalisis gen yang diwariskan Benih yang digunakan dalam penelitian ini yaitu F2 Sigupai/Yinzhan. Berdasarkan analisi molekuler yang telah dilakukan terdapat 41 tanaman dari 104 individu pada populasi F2 Sigupai/Yinzhan membawa gen Xa27 dan Fragrant yang memiliki peluang perspektif untuk dilanjukan sebagain penelitian selanjutnya dan 7 tanaman yang memiliki kedua gen dan juga memiliki produksi per Ha yang cukup baik yaitu berkisar 4 sampai 6 per Ha. kata kunci : Padi Aceh, Gen Xa27, Gen Fragrant, Marker Molekuler Abstract, This research is the preservation and development of Aceh rice germplasm. Siupai is one of the rice originating from the South-West part. This variety is less attractive to farmers because of its deep age, high architecture and susceptibility to disease, but sigupai carrying the Fragrant gene that is the scent of fragrant pandanus. Utilization of breeding programs can improve the quality of varieties by crossing the method with the introduction of the Yinzhan variety that carries the Xa27 gene as a donor of Xanthomonas resistant genes. The development of associated molecular markers (linkage) with quality characters or what is called the QTL (Quantitative Trait Loci) approach for quality characters, has the potential to be a way to assemble cultivars that have superior quality. Gene analysis with the use of molecular markers can analyze the genes inherited from seeds used in this research are F2 Sigupai / Yinzhan. Based on molecular analysis that has been done there are 41 plants from 104 individuals in the F2 population of Sigupai / Yinzhan carrying Xa27 and Fragrant genes that have a perspective opportunity to be continued as a further study and 7 plants that have both genes and also have a fairly good production per hectare that is around 4 to 6 per Ha. Key words: Aceh rice, Xa27 Gene, Fragrant Gene, Molecular Marker