Tinggong adalah varietas padi lokal Aceh yang populer hingga saat ini karena tekstur nasi yang pulen, aroma yang wangi serta kemampuan beradaptasi yang baik. Varietas ini mulai ditinggalkan oleh petani karena berumur dalam, berbatang tinggi dan rentan terhadap penyakit. Varietas introduksi Swarna secara morfologi berbatang tanaman lebih rendah dari varietas lokal dan memiliki produksi tinggi, sehingga sangat tepat untuk disilangkan agar meningkatnya kualitas tanaman padi. Perbaikan varietas ini dapat dilakukan melalui program pemuliaan tanaman. Salah satu metode yang dapat dilakukan adalah persilangan dengan memanfaatkan varietas introduksi Swarna sebagai galur yang membawa sumber gen target sd-1. Gen sd-1 dapat mengendalikan tanaman menjadi lebih pendek, meningkatkan indeks panen, meningkatkan ketahanan terhadap rebah dan meningkatkan respon terhadap pemberian pupuk nitrogen. Proses seleksi dimulai pada F2, karena pada turunan ini terjadi segregasi yang tinggi sehingga akan banyak sifat yang muncul. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis keberadaan gen sd-1 atau padi dengan karakteristik pendek dan karakteristik agronomi pada tanaman padi F2 Hasil Persilangan Tinggong/Swarna. Penelitian ini dilaksanakan di Rumah Kasa dan Laboratorium Pemuliaan Tanaman Fakultas Pertanian Universitas Syiah Kuala, Darussalam Banda Aceh sejak September 2018 hingga Juli 2019. Data dianalisis dengan menggunakan analisis varian dengan sofware analisis statistik SPSS versi 22 dan analisis Chi-Kuadrat. Media yang digunakan berupa campuran tanah dan pupuk kandang dengan perbandingan 2:1 (v/v). Benih yang digunakan adalah F2 hasil persilangan antara Swarna dan varietas lokal Tinggong. Benih ditanam pada setiap pot yang telah disiapkan masing-masing 2 tanaman per pot sebanyak 16 pot sehingga terdapat 32 turunan tanaman F2 yang dianalisi. Analisis molekuler dilakukan untuk mengidentifikasi keberadaan gen sd-1 pada turunan F2. Hasil penelitian menunjukkan bahwa terdapat variasi karakter dari 32 genotipe yang diuji. Berdasarkan hasil analisis, 17 genotipe F2 secara molekuler mewarisi gen sd-1. Sedangkan berdasarkan data karakter agronomi, sebanyak 13 tanaman turunan F2 memiliki arsitektur yang mendekati tetua donor Swarna.