berasosiasi dengan karakter protein tinggi pada galur mutan generasi kelima kedelai Kipas Putih menggunakan 23 marka SSR (Simple Sequence Repeat). Penelitian dilaksanakan dilaboratorium Biologi Molekuler BB-Biogen, Juli-Oktober 2018. Analisis data dilakukan dengan metode skoring 1/1 dan 0/0 terhadap pita DNA hasil elektroforegram dengan bantuan Gel Analyzer dan dibantu dengan perangkat lunakPowerMaker v3.25 dan asosiasi marka SSR terkait protein tinggi dianalisis menggunakan program Tassel v.5. Hasil penelitian berhasil mendeteksi 34 alel dengan kisaran 1-7 alel lokus-1. Rerata frekuensi alel dominan sebesar 0,74 dan nilai heterogositas sebesar 0,36. Nilai PIC (Polymorphic Information Content) berkisar antara 0,00-0,73 dengan rerata 0,33. Satu marka SSR mendeteksi nilai PIC>0,7 yaitu Satt308. Analisis jarak genetik menunjukkan mutan M5 genotipe B4, B10 dan B13 memiliki jarak genetik terjauh dengan varietas kedelai Kipas Putih yaitu sebesar 0,45. Analisis filogenetik menunjukkan kedelai Kipas Putih dan sepuluh mutan M5 berpisah menjadi empat klaster utama pada koefisien 0,20. Analisis asosiasi marka trait protein menunjukkan dari 12 marka SSR trait sifat tertentu berhasil mendeteksi dua marka SSR yang berasosiasi signifikan P0,7. Genetic distance analysis showed that genotypes B4, B10 and B13 mutants have the furthest genetic distance with the Kipas Putih (B0) soybean varieties, which is 0,45. Phylogenetic analysis showed Kipas Putih soybean and ten M5 mutant splited into four main clusters at a coefficient of 0.20. The analysis of the protein trait markers association showed that from twelve specific trait SSR markers successfully detected two SSR markers which were significantly associated P