Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui karakteristik kuantitatif ukuran tubuh kerbau Simeulue (tinggi pundak, panjang badan, lingkar dada, dalam dada dan tinggi pinggul), mengidentifikasi ada tidaknya polimorfisme gen GH/Msp1 dan GHRH/Hae111 serta menganalisis hubungannya terhadap ukuran tubuh kerbau Simeulue. Pengukuran karakteristik ukuran tubuh dilakukan pada bulan Desember 2016 terhadap 45 kerbau Simeulue di 3 kecamatan yaitu Salang (15 ekor), Alafan (15 ekor) dan Simeulue Cut (15 ekor). Sampel darah sebanyak masing-masing 5 ml diambil dari 15 ekor kerbau (5 ekor dari tiap kecamatan) menggunakan EDTA sebagai antikoagulan. Ekstraksi DNA genom dan analisis polimorfisme gen GH/MspI dan GHRH/HaeIII dilakukan dengan metode PCR-RFLP di Laboratorium Riset Fakultas Kedokteran Hewan Unsyiah dari bulan Januari – Desember 2017. Karakteristik ukuran tubuh ditentukan dengan rataan, simpangan baku dan koefisien keragaman kemudian dianalisis secara deskriptif . Berdasarkan pola pita DNA ditentukan frekuensi alel dan genotip heterozigositas pengamatan (Ho) dan harapan (He) serta keseimbangan Hardy Weinbergh. Selanjutnya dilakukan analisis hubungan antara genotip dengan ukuran tubuh menggunakan uji t. Hasil penelitian menunjukkan bahwa koefisien keragaman ukuran tubuh berkisar antara 5,39 % - 16,06 % pada umur 4 – 6 tahun dan antara 5,25 % - 11,27 % pada kerbau Simeulue 2 – 4 tahun. Hasil analisis molekuler menunjukkan lokus GH/Msp1 bersifat monomorfik dengan ditemukan satu genotip (+/+). Adapun lokus GHRH/Hae111 bersifat polimorfik dengan ditemukan 3 genotip yaitu AA (0,13), AB (0,80) dan BB (0,07). Nilai Ho (0,80) lebih tinggi dari nilai He (0,49). Frekuensi gen GHRH berada dalam keseimbangan Hardy Weinbergh. Analisis hubungan genotip GHRH/HaeIII dengan ukuran tubuh menggunakan uji t menunjukkan bahwa polimorfisme ini tidak berpengaruh nyata (P>0,05) dengan ukuran tubuh kerbau Simeulue.