Penelitian ini dilakukan untuk mengetahui keberadaan gen sd-1 dan Sub-1 pada turunana F2 padi Aceh Tinggong dengan menggunakan marka molekuler. Penggunaan marka molekuler dapat memecahkan masalah yang dihadapi oleh pemuliaan tanaman secara konvensional. Marka molekuler memberikan kontribusi yang cepat dan secara signifikan dapat memperbaiki tanaman dengan memiliki gen yang beragam. Penggunaan marka molekuler dalam kegiatan pemuliaan tanaman dapat memberikan hasil yang lebih meyakinkan karena tidak dipengaruhi oleh faktor lingkungan. Kegiatan penelitian ini dilakukan di Kebun Percobaan dan Laboratorium Pemuliaan dan Genetika Tanaman Fakultas Pertanian Universitas Syiah Kuala, Darussalam Banda Aceh. Penelitian dilakukan mulai dari bulan Januari sampai dengan April 2018.Alat-alat yang digunakan dalampenelitianini yaitu kardus, stainless steel bead, freezer,eppendorf tube, water bath, centrifuge, PCR, electrophoresis, digital balance, microwave, UV transiluminator dan kamera. Sedangkan bahan yang digunakan pada penelitian ini yaitubenih turunan F2 Yz/Tg dan Sw/Tg, Varietas Tinggong, Inpara 5 serta IR42, tanah dan pupuk kandang (1:1), pupuk NPK sebanyak 2.6 g dan Urea 0.6 g, daun padi yang masih muda (berumur 2 MST), TPE buffer, aquades, mastermix, alkohol, EmeraldAmp, DNA template, TAE buffer, gel agarose, loading dye, IM Tris-HCI, 0.5M EDTA, KCl, Etbr, gel bromophenol blue dan primer DNA(Tabel 1). Hasil analisis gen sd-1 yang didapatkan dari turunan F2 Yz/Tg menunjukkan bahwa, terdapatnya gen sd-1 pada semua tanaman yang dianalisis. yang ditunjukkan dengan terdapatnya pita DNA pada semua tanaman tersebut. Uji tahan rendaman menunjukkan bahwa, terdapatnya gen Sub-1 pada turunan F2 Sw/Tg setelah dilakukan pemulihan (recovery). Hasil analisis yang didapatkan dari turunan F2 Sw/Tg menunjukkan bahwa, tanaman yang memiliki gen Sub-1 yaitu sebanyak 20 tanamandari 24 tanaman yang dianalisis.