Aceh merupakan salah satu provinsi yang kaya akan keanekaragaman hayati termasuk padi lokal Aceh yang bisa dimanfaatkan untuk pembangunan berkelanjutan dalam meningkatkan kesejahteraraan rakyat dan perlu dilestarikan. Sumberdaya genetik varietas lokal dapat dimanfaatkan untuk perakitan varietas baru yang diperlukan sebagai pendukung untuk menghadapi perubahan iklim, permintaan konsumen yang semakin meningkat, dan sebagai cadangan sumber daya genetik bagi pengembangan pemuliaan tanaman. Penggunaan varietas lokal sangat dibutuhkan dan dianjurkan dalam program pemuliaan tanaman dengan untuk memperbanyak genetik varietas unggul yang akan dihasilkan. Penelitian ini dilaksanakan di kebun percobaan dan Laboratorium Pemuliaan Tanaman Fakultas Pertanian Universitas Syiah Kuala, Darussalam Banda Aceh. Pelaksanaan penelitian dimulai dari bulan Januari sampai dengan Mei 2018. Penelitian ini menggunakan teknologi Marka Molekuler, teknologi ini digunakan untuk menganalisis keberadaan gen sd-1 dan Sub-1. Padi yang digunakan adalah turunan Yinzhan/Sigupai dan Swarna/Sigupai, dan sebagai kontrol yaitu Yinzhan, Sigupai, dan Swarna. Penanaman dilakukan dikebun percobaan dengan diamati karakter fenotipe dari turunan Yz/Sg dan Sw/Sg dengan menggunakan analisis Chi-Square. Karakter fenotipe untuk sd-1 yang diamati adalah tinggi tanaman, jumlah anakan, umur berbunga, umur panen, tinggi saat panen, jumlah malai, gabah hampa, gabah bernas dan produksi per Hektar. Hasil penelitian menunjukkan bahwa hasil analisis turunan Yz/Sg, dari 24 tanaman didapat 10 tanaman yang terdapat gen sd-1. Uji genangan dilakukan pada turunan Sw/Sg untuk melihat keberadaan gen Sub-1 selama 2 minggu dan di Recovery selama 2 minggu. Hasil uji genangan menunjukkan bahwa tanaman yang tahan terhadap rendaman dari keseluruhan 24 tanaman yaitu 16 tanaman atau 66.67%. Hasil analisis turunan Sw/Sg, dari 24 tanaman didapat 20 tanaman yang terdapat gen Sub-1.