Penelitian geofisika dengan menggunakan metode magnetik telah dilakukan untuk merekonstruksi struktur gua pada studi kasus Gua Jepang, Krueng Anoi, Aceh Besar. Proses akuisisi data magnetik dilakukan selama tiga hari dengan menggunakan peralatan Proton Precession Magnetometer (PPM). Luas wilayah penelitian adalah 24 x 34 meter dengan titik pengukuran dibuat dalam bentuk grid dan spasi antar titik satu sampai dua meter. Pada penelitian magnetik ini, anomali yang diperoleh adalah anomali medan magnetik total. Berdasarkan anomali medan magnetik total dilakukan pemisahan anomali regional dan residual. Anomali residual didapat setelah data anomali regional diangkat sehingga diperoleh gambaran struktur dangkal pada lokasi penelitian. Berdasarkan anomali residual, respon anomali yang diperoleh bernilai rendah (negatif) yaitu -200 nT hingga -450 nT. Bentuk bangunan Gua Jepang ditandai oleh pola-pola kelurusan yang melintang dari Barat ke Timur. Pada metode magnetik, interpretasi hasil lebih sulit dari pada pengolahan data, sehingga digunakan penapisan reduksi ke kutub yang merupakan metode untuk mempermudah dalam interpretasi data anomali medan magnetik total. Berdasarkan interpretasi kualitatif, keberadaan Gua Jepang diduga memiliki bentuk persegi panjang yang dapat direkontruksi ulang dengan ukuran panjang gua lebih kurang 12 meter, dan lebar lebih kurang 6,5 meter. Kata kunci: Metode magnetik, anomali medan magnetik total, anomali residual, Gua Jepang.