PT. Pelindo I Cabang Malahayati merupakan satu-satunya pelabuhan tempat bersandarnya kapal peti kemas di Aceh dan sudah beroperasi selama lebih dari 1 tahun. Permasalahan yang terjadi adalah banyaknya penumpukan peti kemas dengan waktu yang lama di lapangan penumpukan yang akan mengakibatkan kerugian. Kerugian yang terjadi akibat lamanya penumpukan dipengaruhi oleh beberapa faktor yaitu yard of ratio dan lamanya waktu peti kemas yang ditinjau berdasarkan banyaknya jumlah peti kemas pada lapangan penumpukan. Proses pembayaran penggunaan jasa lima hari pertama, tarif penumpukan peti kemas ditanggung oleh PT Pelayaran Tempuran Emas (TEMAS). Setelah lebih dari lima hari, pelanggan akan dikenakan tarif penumpukan peti kemas yang dihitung per box tanpa ada pertimbangan waktu. Hal ini menyebabkan pelanggan tidak mengambil barang dengan segera, sehinga perlu dilakukan penelitian mengenai analisis kenaikan tarif pelabuhan di PT Pelindo I Cabang Malahayati menggunakan model regresi logistik sebagai dasar pengambilan keputusan. Berdasarkan hasil prediksi model regresi logistik menggunakan software R3.4.3, terdapat biaya rugi di lapangan penumpukan sehingga, perlu diambilnya keputusan adanya penerapan kenaikan tarif pelabuhan pada jasa penumpukan peti kemas. Berdasarkan hasil prediksi tersebut, model yang dihasilkan merupakan model yang baik dengan akurasi sebesar 74,8%. Adapun faktor yang mempengaruhi munculnya biaya rugi adalah lamanya waktu peti kemas pada lapangan penumpukan masa II dan masa III. Kata Kunci: Pelabuhan, Peti Kemas, Penumpukan , Model Regresi Logistik, Ada atau Tidak Adanya Biaya Rugi, Tarif Pelabuhan.