Dalam mendukung pendistribusian antar pulau pemerintah menetapkan program tol laut yang tertera pada Peraturan Presiden No.17 tahun 2017. Pelindo I Malahayati merupakan salah satu pelabuhan yang masuk dalam program tol laut. Dalam mendukung program tersebut diperlukan pengukuran kinerja logistik khususnya pada sektor transportasi laut. Pengukuran Logistic Performance Index (LPI) bertujuan sebagai alat pembanding interaktif yang dibuat untuk membantu mengidentifikasi tantangan dan peluang yang dihadapi dalam kinerja logistik serta mengetahui hal yang perlu dilakukan untuk meningkatkan kinerjanya. Indikator pengukuran yaitu quality, delivery, cost, dan information. Pembobotan indikator menggunakan Analytic Hierarchy Process. Indeks rata-rata kinerja logistik kedatangan kapal di Pelindo I Malahayati adalah 2,557 yang artinya adalah kinerja logistik Pelindo I tergolong cukup baik. Melihat hubungan indikator menggunakan regresi stepwise, indikator yang terpilih adalah frekuensi kunjungan kapal. Indikator terpilih akan dievaluasi menggunakan diagram sebab akibat (fishbone). Dalam meningkatkan frekuensi kunjungan kapal perlu adanya peningkatan industri lokal Aceh khususnya komoditi unggulan. Kata kunci: Logistic Performance Index, Pelindo I Malahayati, Analytic Hierarchy Process, Regresi Stepwise, Diagram Sebab Akibat.