ABSTRAK Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui perbedaan hasil belajar, hubungan hasil belajar dengan keterampilan kerja ilmiah dan hubungan hasil belajar dengan motivasi setalah diterapkan Lembar Kerja Peserta Didik (LKPD) berbasis Group Investigation pada Materi Ekosistem di Madrasah Aliyah Kota Banda Aceh. Pengambilan data dilakukan pada bulan maret-april 2017, menggunakan metode quasi eksperimental dengan rancangan Pretest Posttest Control/Group Design. Penelitian ini dilaksanakan di MAN 2 dan MAS Darul Ulum Banda Aceh dengan 2 kelas kontrol dan 2 kelas eksperimen. Instrumen penelitian menggunakan tes, lembar observasi keterampilan kerja ilmiah dan lembar motivasi peserta didik. Analisis data untuk perbedaan hasil belajar dianalisis dengan menggunakan Uji-t pada taraf signifikan 0,05 dan rumus persentase untuk mengukur keterampilan kerja ilmiah dan motivasi. Hubungan hasil belajar dengan keterampilan kerja ilmiah dan motivasi dianalisis dengan rumus korelasi. Hasil penelitian menunjukkan bahwa (1) Keterampilan kerja ilmiah peserta didik di MAN 2 pada praktikum pertama 78,88%, pada praktikum kedua 78,02%, pada praktikum ketiga 76,58% dan MAS DU pada praktikum pertama 81,48%, pada praktikum kedua 76,50%, pada praktikum ketiga 80,44%. (2) Motivasi peserta didik setelah diterapkan LKPD eksperimen di MAN 2 berkategori baik 65%, sangat baik 35%, dan MAS DU berkategori baik 8,33%, sangat baik 91,67%. (3) Hasil belajar peserta didik MAN 2 mengalami peningkatan yang signifikan (thit 7,48 > ttab 2,0032) dan MAS DU (thit 2,06 > ttab 1,98) pada taraf signifikan 5% (α = 0,05). Hubungan hasil belajar dengan keterampilan kerja ilmiah dan hubungan hasil belajar dengan motivasi menunjukkan sig. < 0,05. Kesimpulan dalam penelitian ini adalah terdapat perbedaan hasil belajar peserta didik yang diterapkan LKPD Group Investigation dengan LKPD Konvensional pada materi ekosistem, terdapat hubungan positif hasil belajar dengan keterampilan kerja ilmiah dan ada hubungan hasil belajar dengan motivasi peserta didik. Kata Kunci: Lembar kerja Peserta Didik, Group Investigation, Keterampilan Kerja Ilmiah, Motivasi, Hasil Belajar, Ekosistem