Aktivitas antibakterial daun M. koenigii terhadap bakteri E. coli dan S. aureus dilakukan dengan metode difusi cakram. Uji aktivitas antibakterial pada ekstrak etil asetat menghasilkan zona hambat yang lebih besar dibandingkan ekstrak metanol dan n-heksana. Ekstrak etil asetat dengan konsentrasi 12,5; 25 dan 50 % (b/v) memiliki zona hambat 6, 7 dan 10 mm (E. coli), 6, 6 dan 10 mm (S. aureus). Hasil kromatografi kolom dengan menggunakan silika gel (G 60 F254) sebagai fase diam dan n-heksana : etil asetat sebagai fase gerak diperoleh 6 subfraksi (A-F). Uji aktivitas antibakterial pada subfraksi menunjukkan bahwa subfraksi F memiliki zona hambat yang lebih besar dibandingkan subfraksi lainnya, zona hambat yang dihasilkan pada konsentrasi 1, 5 dan 10 % secara berturut-turut adalah 8,7; 7,7 dan 6,7 mm (E. coli), 12,8 ;10,7 dan 8,0 mm (S. aureus).