ABSTRAK Penelitian bertujuan untuk mendapatkan isolat rizobakteri yang mampu berperan sebagai kandidat agens biokontrol dalam menghambat patogen F. oxysporum dan Phytium sp. terbawa benih tomat secara in vitro. Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Ilmu dan Teknologi Benih Jurusan Agroteknologi, Fakultas Pertanian, Universitas Syiah Kuala, Darussalam Banda Aceh. Pelaksanaan penelitian dimulai dari Juni 2016 sampai Oktober 2016. Penelitian menggunakan metode eksploratif deskriptif untuk mengisolasi patogen dan mengisolasi rizobakteri kandidat agens biokontrol dan metode eksperimen untuk uji antagonisme rizobakteri hasil isolasi dengan patogen terbawa benih tomat pada media PDA. Rancangan yang digunakan pada uji antagonisme rizobakteri dengan patogen adalah Rancangan Acak Lengkap (RAL) non faktorial. Faktor yang diteliti yaitu isolat rizobakteri, taraf percobaan terdiri dari 18 isolat dengan 3 ulangan sehingga terdapat 54 unit satuan percobaan, rizobakteri agens biokontrol diuji dengan patogen F. oxysporum dan Phytium sp. terbawa benih tomat, dimana rizobakteri diberi simbol R dan jamur patogen diberi simbol P. Hasil penelitian menunujukkan pengujian 18 isolat rizobakteri kandidat agens biokontrol terhadap kemampuannya dalam menghambat pertumbuhan koloni patogen terbawa benih tomat secara in vitro (F.oxysporum dan Phytium sp.), diperoleh hasil bahwa isolat rizobakteri mampu menekan pertumbuhan koloni cendawan patogen. Pada patogen uji F.oxysporum terdapat empat rizobakteri yang paling baik dalam menekan pertumbuhan koloni cendawan patogen yaitu Isolat SRK5/1 persentase penghambatan 76,66%, SRK5/5 persentase penghambatan 72,22%, HWI8/6 pesentase penghambatan 72,22% dan BS34/5 dengan persentase penghambatan 70,00%. Pada patogen uji Phytium sp. terdapat lima isolat rizobakteri yang paling baik dalam menghambat pertumbuhan koloni cendawan patogen yaitu isolat SRK5/1 persentase penghambatan 66,66%, SRK5/2 persentase penghambatan 80,00%, HWI4/1 persentase penghambatan 70,00%, HWI5/1 persentase penghambatan 76,64%, dan HWI5/4 dengan persentase penghambatan 72,22%.