Penelitian ini bertujuan untuk mengkaji pengaruh genotipe padi mutan M3 dan cekaman kekeringan terhadap pertumbuhan, sistem perakaran, dan produksi tanaman padi, serta untuk mengkaji interaksi antara genotipe padi hasil mutasi radiasi sinar gamma M3 dengan cekaman kekeringan pada sistem budidaya organik. Penelitian ini dilaksanakan di Rumah Kaca yang terletak di Kebun Percobaan Fakultas Pertanian Universitas Syiah Kuala Darussalam, Banda Aceh. Penelitian ini berlangsung pada bulan Desember 2015 sampai dengan bulan Mei 2016. Tanaman padi ditanam di dalam pot dan menggunakan pupuk organik berupa pupuk PIM organik dan pupuk organik cair Bio super active. Rancangan percobaan yang digunakan adalah Rancangan Petak Terbagi (split plot) pola Rancangan Acak Kelompok (RAK) faktorial 2 x 6 dengan kondisi cekaman kekeringan sebagai petak utama dan genotipe sebagai anak petak. Perlakuan cekaman kekeringan terdiri dari kondisi normal dan kondisi kekeringan, perlakuan genotipe terdiri dari genotipe Inpari 10, IR 64, Sanbei, Unsyiah-1 Sanberasi, Unsyiah-3 Sanberasi dan Unsyiah-5 Sanberasi. Genotipe padi mutan menunjukkan pertumbuhan, sistem perakaran dan hasil yang berbeda dibandingkan dengan genotipe induknya Sanbei. Genotipe Unsyiah-1 Sanberasi menunjukkan nilai potensi hasil yang lebih tinggi dibandingkan genotipe lainnya. Cekaman kekeringan fase vegetatif menyebabkan penurunan nilai lebar daun tanaman dan meningkatkan nilai bobot daun kering serta memperlambat umur berbunga. Genotipe IR 64, Unsyiah-1 Sanberasi dan Unsyiah-5 Sanberasi tergolong genotipe medium toleran terhadap cekaman.