ABSTRAK Penelitian ini bertujuan mengetahui konsep pada materi sel yang mengalami miskonsepsi, penerapan modul berbasis discovery learning dalam mengatasi miskonsepsi, meningkatkan hasil belajar kognitif dan motivasi siswa. Pengambilan data dilakukan pada bulan Juni 2016. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah metode eksperimental dengan rancangan pretest posttest control group design. Penelitian ini dilaksanakan pada dua kelas yaitu XI IA 1 sebagai kelas kontrol dan XI IA 3 sebagai kelas eksperimen. Instrumen yang digunakan adalah tes untuk mengukur miskonsepsi dan hasil belajar siswa, angket motivasi untuk melihat motivasi belajar siswa. Analisis data menggunakan uji independent sample t-test dengan bantuan SPSS 16.0 for windows pada taraf signifikan 95% atau α 0,05. Hasil menunjukkan bahwa konsep yang mengalami miskonsepsi adalah mekanisme transpor melalui membran, hasil uji t menunjukkan bahwa > yaitu hasil belajar siswa 2,875 > 1,67 dan motivasi belajar 6,158 > 1,67. Dapat disimpulkan bahwa penerapan modul berbasis discovery learning dapat mengatasi miskonsepsi pada konsep komponen kimiawi sel, struktur dan fungsi sel dan organel sel tumbuhan dan hewan, meningkatkan hasil belajar kognitif, dan motivasi siswa pada materi sel di MAN Darussalam. Kata Kunci: Modul berbasis discovery learning, Miskonsepsi, Hasil Belajar Siswa, Sel.