Permasalahan dalam kesehatan sering kali tidak dapat diukur secara langsung (variabel laten), melainkan harus dinilai berdasarkan indikator-indikator yang mungkin tidak diketahui. Derajat kesehatan merupakan salah satu variabel laten dalam masalah kesehatan yang menjelaskan gambaran profil kesehatan individu atau kelompok individu (masyarakat) di suatu daerah. Masalah yang timbul dalam kesehatan merupakan masalah yang sangat kompleks, karena terdapat keterkaitan dengan masalah-masalah lain diluar faktor kesehatan. Dalam penelitian ini diduga variabel lingkungan, perilaku kesehatan, pelayanan kesehatan, dan genetik berpengaruh terhadap derajat kesehatan. Analisa yang dapat digunakan untuk mengetahui kebenaran konsep teori faktor-faktor beserta indikator yang mempengaruhi derajat kesehatan masyarakat adalah analisis multivariate dengan metode Structural Equation Modeling-Partial Least Square (SEM-PLS). SEM-PLS merupakan metode yang dapat digunakan untuk menggambarkan keterkaitan hubungan linier secara simultan antara variabel pengamatan (indikator) dan variabel yang tidak dapat diukur secara langsung. Hasil analisis deskriptif menggambarkan bahwa kondisi derajat kesehatan masyarakat Indonesia tahun 2013 masih belum memenuhi target yang ditetapkan oleh Pemerintah maupun Millennium Development Goals (MDGs) 2015. Namun, hasil analisis dari SEM-PLS terdapat tiga faktor yang berpengaruh signifikan terhadap derajat kesehatan masyarakat Indonesia yaitu lingkungan (p-value = 0,014), pelayanan kesehatan (p-value= 0,003), dan perilaku kesehatan (p-value= 0,031). Model dugaan yang didapat dari SEM-PLS terhadap derajat kesehatan masyarakat adalah derajat kesehatan = - 0,275 pelayanan kesehatan – 0,319 perilaku – 0,442 lingkungan – 0,007 keturunan. Artinya jika pelayanan kesehatan, perilaku, lingkungan dan keturunan semakin baik maka derajat kesehatan akan semakin baik dan menurunkan angka kematian bayi, angka kematian balita, angka kesakitan malaria, prevalensi balita gizi buruk, dan accute flaccid paralaysis. Kata Kunci: SEM-PLS, Derajat Kesehatan, MDGs