ABSTRAK Kawasan Sungai Gapui merupakan daerah yang memiliki potensi ekonomi bagi masyarakat sekitar. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui komposisi dan kelimpahan plankton serta keanekaragaman dan dominansi plankton yang ada di estuari Sungai Gapui. Penelitian ini telah dilakukan pada Januari 2017 menggunakan metode purposive sampling dengan 3 stasiun pengamatan. Pengambilan sampel plankton dilakukan pada saat pagi dan siang hari di tiap-tiap stasiun. Pengambilan sampel plankton dengan menggunakan plankton net nomor 25. Fitoplankton yang ditemukan berasal dari kelas Bacillariophyceae (34%), Dinophyceae (21%) dan Euglenophyceae (2%) dan zooplankton dari kelas Crustacea (25%), Rotifera (8%), dan Protozoa (8%). Kelimpahan tertinggi pada saat pagi hari (11508,9 ind/L) dan siang hari (9507,3 ind/L) terdapat pada stasiun 1 dan kelimpahan terendah pada saat pagi (8506,6 ind/L) dan siang (6004,6 ind/L) terdapat pada stasiun 3. Keanekaragaman pada saat pagi berkisar antara 2,17-2,43 dengan kategori sedang, pada saat siang 1,56-1,99 dengan kategori sedang. Dominansi pada saat pagi berkisar antara 0,10-0,15 dengan kategori rendah dan pada saat siang berkisar antara 0,17-0,30 dengan kategori rendah. Kata kunci: Struktur komunitas, Plankton