Risiko merupakan faktor ketidakpastian yang kerap timbul dalam aliran aktivitas rantai pasok dan merugikan perusahaan. Pada perusahaan PT. Aceh Lampulo Jaya Bahari, penerapan manajemen risiko sistem rantai dingin belum dilakukan dengan maksimal. Hal ini disebabkan kurangnya pengawasan standar operasional prosedur. Untuk memecahkan permasalahan, digunakan penggabungan metode Failure Mode Effect Analysis (FMEA) dan Interpretive Structural Modeling (ISM). Manfaat penggabungan kedua metode ini adalah penilaian risiko dilakukan berdasarkan perspektif expert dan terstrukturnya keterkaitan risiko melalui pendekatan pemodelan. Total risiko yang telah teridentifikasi berjumlah 26 risiko, dan hasil penilaian risiko mendapatkan tiga nilai RPN tertinggi. Hasil dari pemodelan struktural risiko didapatkan tiga level risiko yaitu, top level, middle level dan bottom level. Pada top level terdapat 13 variabel risiko, middle level berjumlah 9 variabel risiko dan pada bottom level terdapat 4 variabel risiko.