Ketersediaan dan jenis bakteri proteolitik mempengaruhi efisiensi pemecahan protein menjadi asam amino dalam saluran pencernaan sapi aceh. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui spesies bakteri proteolitik yang terdapat pada reticulum sapi aceh serta hubungan kedekatannya dengan bakteri proteolitik yang ada di GenBank. Identifikasi dilakukan berdasarkan gen 16S rRNA melalui PCR-sekuensing. Sampel cairan retikulum sapi aceh diambil dari Rumah Potong Hewan Banda Aceh, kemudian diinkubasi anaerob padasuhu 390C menggunakan media skim milk agar selama 48 jam. Koloni bakteri proteolitik yang memiliki zona bening terluas diambil untuk dilakukan isolasi DNA total, amplifikasi gen 16S rRNA. Hasil amplifikasi isolat gen RES_FKH disekuensing, dianalisis secara biokomputasi dan dibandingkan dengan urutan nukleotida bakteri yang ada di NCBI untuk melihat homologi bakteri sampel dengan yang dideposit di GenBank. Hasil penelitian dari koloni bakteri yang mempunyai zona bening terluas (6 mm) dan dapat disimpulkan bahwa spesies gen isolat RES_FKH pada retikulum sapi aceh memiliki kedekatan dengan bakteri Enterobacter cloacae subsp. dissolvenssebesar 95% sesuai dengan urutan DNA dan ukuran posisi yang sama pada GenBank.