ABSTRAK Organisasi merupakan sebuah sistem (wadah) yang terdiri dari sekelompok individu yang terstruktur dan sistematis, yang saling berinteraksi, memanfaatkan sumber daya dan memiliki harapan dan kepentingan bersama untuk mencapai tujuan bersama. Dalam berorganisasi mahasiswa mencoba untuk mencari pengalaman baru serta ilmu-ilmu baru yang bermanfaat melalui kegiatan-kegiatan yang ada dalam organisasi, yang diharapkan dapat menunjang nilai indeks prestasi mahasiswa itu sendiri. Pada mahasiswa Kedokteran Jurusan Pendidikan Dokter Universitas Syiah Kuala memiliki tingkat keaktifan yang berbeda-beda dalam berorganisasi. Perbedaan ini berdampak terhadap tinggi rendahnya prestasi akademik mahasiswa Kedokteran Jurusan Pendidikan Dokter Universitas Syiah Kuala. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui perbedaan prestasi akademik mahasiswa berdasasarkan keaktifan berorganisasi di Universitas Syiah Kuala Fakultas Kedokteran Pendidikan Dokter angkatan 2013. Jenis penelitian ini deskriptif- analitik, dengan desain penelitian yang digunakan adalah cross sectional. Pendekatan yang dilakukan adalah pendekatan kuantitatif. Dan penelitian ini dilakukan di Fakultas Kedokteran Universitas Syiah Kuala dengan 185 orang sampel selama tanggal 20-28 Desember 2016. Hasil penelitian ini adalah, prestasi akademik pada mahasiswa Kedokteran Jurusan Pendidikan Dokter Universitas Syiah Kuala dengan nilai mean sangat aktif (3,392), diikuti dengan aktif (3,339), kurang aktif (3,304) dan tidak aktif memiliki nilai mean terendah yaitu (3,107). Semakin aktif dalam beroganisasi maka prestasi akademik akan semakin meningkat begitu juga sebaliknya. Kata Kunci : Prestasi akademik, keaktifan organisasi