ABSTRAK Jruek drien merupakan makanan fermentasi khas Aceh yang mengandung bakteri asam laktat (BAL). Bakteri asam laktat berpotensi sebagai probiotik. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi isolat bakteri JD-2 dan JD-3 yang berasal dari jruek drien. Penelitian dilakukan di Laboratorium Mikrobiologi Jurusan Biologi Fakultas MIPA Unsyiah, Laboratorium Biomolekuler Dinas Kesehatan dan Peternakan Hewan Aceh, dan Laboratorium Molekuler LOKA Litbang Biomedis Aceh dari bulan April hingga September 2016. Tahapan dari penelitian ini meliputi regenerasi isolat pada media MRSA dengan suhu inkubasi 37°C, kultur isolat pada media TSB, isolasi DNA menggunakan QIAamp DNA Mini Kit (Qiagen), pengukuran konsentrasi serta kemurnian DNA menggunakan nanofotometer, amplifikasi gen 16S rRNA, sekuensing gen, dan rekonstruksi pohon filogenetik menggunakan program MEGA 7.0. Hasil penelitian menunjukkan bahwa isolat JD-2 teridentifikasi sebagai Bacillus subtilis dengan ukuran gen 16S rRNA sebesar 1426 bp dan JD-3 sebagai Lactobacillus plantarum dengan ukuran gen 16S rRNA sebesar 1435 bp. Kata Kunci : jruek drien, probiotik, gen 16S rRNA, sekuensing, pohon filogenetik ABSTRACT Jruek drien is an Acehnese traditional fermented food containing lactic acid bacteria (LAB). Lactic acid bacteria has potential as probiotics. The research aim was to identifiy isolate JD-2 and JD-3 from jruek drien. The research was conducted at Microbiology Laboratory, Biology Departement, Faculty of Mathematics and Natural Science, Syiah Kuala University, Biomolecular Laboratory, Health and Animals Agriculture Departement Aceh, and Molecular Laboratory LOKA Litbang Biomedis, Aceh from April to September 2016. The research step consisted of sample regeneration in MRS agar medium with incubation temperature at 37°C, samples culturing in TSB medium, DNA isolation using QIAamp DNA Mini Kit (Qiagen), measurement of the DNA concentration and purity using nanophotometer, amplification of 16S rRNA gene, gene sequencing, and reconstruction of phylogenetic trees using MEGA 7.0. The results showed that isolate JD-2 identified as Bacillus subtilis with the size of the 16S rRNA gene was 1426 bp and isolate JD-3 as Lactobacillus plantarum with the size of the 16S rRNA gene was 1435 bp. Keywords: jruek drien, probiotics, 16S rRNA gene, sequencing, phylogenetic trees