Tujuan dari penelitian ini adalah untuk menentukan daerah penangkapan ikan cakalang yang potensial dengan menggunakan citra satelit di perairan Jayapura Selatan Kota Jayapura. Pengambilan data jumlah hasil tangkapan dan koordinat daerah penangkapan ikan dilaksanakan pada bulan Maret sampai April 2016. Data suhu permukaan laut dan klorofil-a diunduh pada situs http://oceancolorgsfc.nasa.gov., dan diolah menggunakan perangkat SeaDas 7.3. Hasil penelitian diperoleh bahwa sebaran klorofil-a di perairan Jayapura Selatan pada bulan Maret sampai April 2016 berkisar antara 0,24 mg/m³ sampai 0,31 mg/m³ dengan sebaran klorofil-a rata-rata adalah 0,29 mg/m³. Daerah penangkapan yang potensial diidentifikasi selama penelitian diperairan Jayapura Selatan ada dua, yaitu 1) pada daerah penangkapan dengan koordinat 01⁰09'511"LU-140⁰07'107"BT dengan jumlah hasil tangkapan sebesar 6.325 kg serta klorofil-a 0,29 mg/m³ dan 2) pada koordinat 01⁰09'511"LU-140⁰07'107"BT dengan jumlah hasil tangkapan 15.250 kg dengan sebaran klorofil-a 0,31 mg/m³. Kata kunci: klorofil-a, daerah penangkapan ikan cakalang, perairan Jayapura Selatan