Kakao merupakan salah satu komoditas perkebunan andalan di Provinsi Aceh. Hampir keseluruhan areal perkebunan kakao adalah perkebunan rakyat. Biji kakao dari perkebunan rakyat cenderung masih bermutu rendah yang disebabkan oleh pengolahan pascapanen yang kurang baik seperti masalah fermentasi biji kakao. Penjaminan mutu biji kakao melalui pengembangan metode pendugaan mutu yang cepat dan akurat menjadi kata kunci peningkatan daya saing ekspor biji kakao Indonesia ditingkat dunia. Pendeteksian mutu pangan yang cepat dan efisien dapat diwujudkan melalui pengembangan teknologi Near Infrared Reflectance Spectroscopy (NIRS). Tujuan dari penelitian ini adalah membangun metode untuk mengklasifikasi bubuk biji kakao fermentasi dengan empat tingkat fermentasi [tanpa fermentasi (TF), fermentasi 2-3 hari (F1/2), fermentasi 4-5 hari (FS), dan fermentasi 7 hari (FB)] secara cepat dan non destruktif dengan metode principal component analysis (PCA) sebagai metode klasifikasi serta membandingkan antara pretreatment de-trending (DT), mean normalization (MN) dan standart normal variate (SNV) sebagai metode koreksi spektrum. Penelitian ini menggunakan sampel biji kakao mentah varietas lindak. Sampel dibuat dalam bentuk bubuk dengan jumlah 44 jumlah (10 gr per sampel). Alat NIRS FT-IR IPTEK T-1516. Klasifikasi data spektrum menggunakan Principal Component Analysis (PCA) dengan tiga pretreatment spektrum yaitu: de-trending, mean normalization dan standart normal variate. Hasil penelitian ini diperoleh yaitu: (1) Panjang gelombang 1910-2170 nm merupakan panjang gelombang yang relevan untuk menduga procyanidin pada bubuk biji kakao. (2) Penambahan pretreatment mampu memperbaiki tampilan puncak penanda procyanidin pada spektrum bubuk biji kakao. (3) PCA tanpa pretreatment tidak mampu mengklasifikasi bubuk biji kakao berdasarkan tingkat fermentasi sedangkan dengan bantuan pretreatment mampu mengklasifikasi dengan tingkat keberhasilan diatas 85%.(4)Pretreatment terbaik dalam meningkatkan kinerja PCA dalam klasifikasi bubuk biji kakao berdasarkan tingkat fermentasi yaitu SNV dengan tingkat keberhasilan 97,72 %.