Suatu penelitian telah dilakukan untuk mengetahui potensi susu probiotik yang ditambah buah naga merah (Hyloceureus polyrhizus) dalam menghambat bakteri patogen. Penelitian ini dilakukan di Laboratorium dan Teknologi Pengolahan Susu Fakultas Pertanian Universitas Syiah Kuala pada tanggal 29 April sampai dengan 31 Mei 2016. Penelitian ini menggunakan Rancangan Acak Lengkap (RAL) pola faktorial 2x4 dengan 3 kali ulangan yang terdiri dari 2 faktor yaitu faktor A adalah a1 = agitasi, a2 = non agitasi. Faktor B (persentase buah naga merah) dengan 4 level yaitu b1 = 20 persen, b2= 25 persen, b3= 30 persen, b4= 35 persen. Parameter yang diamati adalah sineresis dan uji hambat. Hasil penelitian menunjukkan bahwa perlakuan yang diagitasi dan non agitasi berpengaruh nyata (P0,05) terhadap persentase sineresis dan tidak terdapat interaksi antar kedua perlakuan. Pada uji daya hambat susu probiotik dengan perlakuan agitasi dan non agitasi yang ditambah buah naga terhadap bakteri E. coli tidak berpengaruh (P>0,05) namun terdapat interaksi antar dua faktor sedangkan pada daya hambat susu probiotik dengan perlakuan agitasi dan non agitasi yang ditambah buah naga terhadap bakteri S. aureus tidak berpengaruh (P>0,05). Dari hasil penelitian dapat disimpulkan bahwa persentase sineresis yang terbaik terdapat pada perlakuan agitasi dengan persentase buah naga sebanyak 20 persen. Pada uji hambat susu probiotik dengan perlakuan agitasi dan non agitasi yang ditambah buah naga merah mampu menghambat bakteri patogen (E. coli dan S. aureus). Kata Kunci : Susu probiotik, buah naga merah, bakteri patogen, agitasi dan non agitasi