Merkuri adalah logam berat dan merupakan salah satu polutan yang berbahaya dilingkungan, karena daya toksisitas dan akumulasinya pada organisme aquatik. Merkuri yang mencemari perairan dalam bentuk metilmerkuri dapat menimbulkan dampak biologi yang serius terhadap penurunan kualitas dan kuantitas sumberdaya ikan dan kerang. Berdasarkan Standar Nasional Indonesia batas maksimum cemaran logam berat merkuri ikan sebesar 0,5 mg/kg dan kekerangan sebesar 1,0 mg/kg. Tujuan penelitian menganalisis pencemaran merkuri pada Ikan Jurung (Tor Sp.) dan Kerang Kijing (Pilsbryoconcha exilis) yang dijual dipasar tradisional Kluet Raya dan Kuta Fajar Kabupaten Aceh Selatan serta menganalisis tingkat pengetahuan pedagang. Jenis penelitian adalah penelitian observasi lapangan dengan analisis Non-parametrik. Analisis merkuri dilakukan di Laboratorium Kimia BARISTAN, Provinsi Aceh pada bulan Oktober sampai November 2015. Sampel ikan dibagi atas 3 kelompok yaitu bobot < 250 gr, bobot 250 - 500 gr dan bobot > 500 gr, sedangkan kerang dengan bobot < 100 gr dan > 100 gr. Sampel untuk pengetahuan pedagang sebanyak 20 orang. Sampel diambil secara purposive sampling dan dianalisis dengan uji T dan uji Chi-square. Hasil penelitian memperlihatkan bahwa rata-rata nilai konsentrasi merkuri pada ikan dan kerang yang dijual di pasar tradisional Kluet Raya dan Kuta Fajar masih di bawah Nilai Ambang Batas (NAB) dan tidak terdapat perbedaan yang signifikan antara nilai konsentrasi merkuri pada pasar Kluet Raya dan Pasar Kuta Fajar serta terdapat hubungan antara tingkat pengetahuan pedagang terhadap bahaya pencemaran merkuri di Kabupaten Aceh Selatan. Disarankan melakukan penelitian lebih lanjut dengan mengkaji kandungan merkuri pada jenis ikan dan kerang lainnya. Serta dilakukan program penyuluhan kepada masyarakat tentang bahaya pencemaran merkuri pada lingkungan dan dampak terhadap kesehatan masyarakat. Kata Kunci : Pencemaran Merkuri, Ikan Jurung (Tor Sp.), Kerang Kijing (Pilsbryoconcha exilis), Pengetahuan Pedagang.