Morbiditas merupakan suatu penyimpangan dari status kesehatan atau keberadaan pada suatu kondisi sakit. Data dari badan pusat statistik Indonesia tahun 2015, Aceh menduduki urutan ke-10 dari semua provinsi yang ada di Indonesia. Persentase penduduk Aceh Besar yang mengalami masalah kesehatan selama satu bulan yang lalu pada tahun 2014 sebesar 11,28 persen, menurun dibandingkan tahun 2013 sebesar 30,51 persen. Status kesehatan remaja yang buruk menunjukkan morbiditas atau kesakitan remaja yang tinggi. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui gambaran morbiditas dan faktor penyebab khususnya jenis masalah kesehatan, klasifikasi masalah kesehatan, faktor penyebab yang ditinjau dari faktor lingkungan dan faktor perilaku pada remaja santri di Pesantren Ruhul Islam Anak Bangsa Kabupaten Aceh Besar. Penelitian ini dilakukan pada tanggal 28 sampai dengan 30 Mei 2016. Jenis penelitian deskriptif dengan desain cross sectional. Populasi penelitian ini adalah seluruh remaja santri yang berjumlah 291 remaja santri dengan jumlah sampel sebanyak 63 responden. Teknik pengambilan sampel menggunakan metode purposive sampling, alat ukur kuesioner dengan metode penelitian observasi dan wawancara. Hasil penelitian diketahui bahwa jenis masalah kesehatan yang sering diderita remaja santri yaitu ISPA (infeksi saluran pernapasan akut) (30,1%), ditinjau klasifikasi, penyakit tidak menular (50,8%), ditinjau dari faktor lingkungan berada pada kategori kurang baik (58,7%), dan ditinjau dari faktor perilaku berada pada kategori baik (57,1%). Diharapkan kepada pihak pesantren untuk memeriksa kembali kondisi kesehatan remaja santri setiap bulan dan bekerjasama dengan puskesmas terdekat untuk memberikan pendidikan kesehatan.