Penelitian ini bertujuan untuk melihat nilai, perbedaan kecenderungan, dan pengaruh terhadap indeks ketimpangan kabupaten/kota di Aceh sebelum (2004-2007) dan sesudah (2008-2013) dana otonomi khusus diberikan serta untuk membuktikan teori “U-terbalik” Kuznet. Penelitian ini menggunakan teknik analisis indeks theil, regresi data panel, dan regresi non-linier. Hasil penelitian menunjukkan terjadi penurunan indeks theil total dengan migas setelah dana otonomi khusus sebesar 0,07523514 sedangkan indeks theil total tanpa migas mengalami kenaikan sebesar 0,006691008. Hasil penelitian regresi data panel dengan Random Effect Method (REM) menunjukkan variabel pertumbuhan ekonomi dan variabel indeks pembangunan manusia tidak berpengaruh terhadap ketimpangan dengan migas. Pada tanpa migas, variabel pertumbuhan ekonomi dan indeks pembangunan manusia berpengaruh terhadap ketimpangan yang terjadi di Aceh dan kedua variabel tersebut mengalami perubahan koefisien sebelum dan sesudah dana otonomi. Hasil penelitian regresi non-linier menunjukkan teori kurva “U-terbalik” Kuznet berlaku di 11 kabupaten/kota pada klasifikasi dengan migas dan berlaku di 10 kabupaten/kota pada klasifikasi tanpa migas. Dari hasil penelitian dapat disimpulkan bahwa ketimpangan yang terjadi di Aceh disebabkan oleh ketimpangan antar kelompok (Between) sebesar 23,23% dengan migas dan 8,94% tanpa migas serta ketimpangan dalam kelompok (Within) sebesar 76,77% dengan migas dan antar 91,06% tanpa migas. Penurunan indeks theil total dengan migas dipicu sebagai akibat dari penurunan kontribusi sektor migas pada struktur PDRB dan perubahan kecenderungan dari variabel pertumbuhan ekonomi dan indeks pembangunan manusia memberikan efek yang tidak lebih baik dari sebelum pemberian dana otonomi khusus diberikan. Pemerintah Aceh diharapkan dapat menjadikan dana otonomi khusus sebagai alat untuk meminimalisir angka ketimpangan di luar tujuan pokoknya.