Dalam konteks transisi demokrasi yang tengah dialami Indonesia pasca rezim Orde Baru, pembangkangan militer adalah produk dari kegagalan kekuatan sipil bekerjasama dan melakukan konsolidasi dalam rangka tegaknya supremasi sipil. Reformasi dan profesionalisme militer terus di tingkatkan karena hal tersebut sangat menentukan keberhasilan dan kelangsungan demokratisasi di Indonesia.Namun reformasi militer pada masa Abdurrahman Wahid berbanding terbalik dengan reformasi militer pada masa Susilo Bambang Yudhoyono.Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui dan menganalisis perbandingan reformasi militer dalam demokratisasi di Indonesia pada era presiden Abdurrahman Wahid dan Susilo Bambang Yudhoyono. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah penelitian deskriptif komparatif. Data yang diperlukan dalam penelitian ini diperoleh melalui mengumpulkan data atau karya tulis ilmiah yang bertujuan dengan obyek penelitian atau pengumpulan data yang bersifat kepustakaan. Hasil penelitian menunjukkan bahwa salah satu persoalan rumit yang dihadapi oleh pemerintahan baru dalam mewujudkan demokrasi adalah menata hubungan sipil-militer. Terdapat beberapa kegagalan mewujudkan supremasi sipil di era Abdurrahman Wahid. Pertama, mengenai definisi dan penerapan konsep supremasi sipil, antara pihak sipil dan militer belum ada kesepakatan. Kedua, hubungan sipil-militer yang ditandai oleh dominasi militer selama OrdeBaru terbukti menjadi penghambat utama bagi demokrasi. Ketiga, belum efektifnya pemberlakuan pengurangan sejumlah kewenangan militer (hakistimewa). Kesuksesan SBY dalam menciptakan supremasi sipil militer disebabkan oleh beberapa faktor. Pertama, upaya SBY untuk membersihkan jajaran pimpinan TNI dari kalangan konservatif yang dinilai bias membahayakan kepemimpinannya. Kedua, ketiadaan kalangan oposisi ditubuh militer. Ketiga, penataan hubungan kelembagaan antara Dephan dengan Mabes TNI yang berjalan baik. Secara ideologis, militer sebetulnya belum sepenuhnya bersedia menarik diri dari domain politik praktis. Karena, secara subtansi, doktrin dan keyakinan anggota militer belum berubah. Selain itu, keengganan militer untuk kembali ke barak karena pemerintah belum sepenuhnya mampu memenuhi anggaran, kesejahteraan dan fasilitas untuk menjadikan militer yang profesional. Kata Kunci: Reformasi militer, Demokratisasi