Pasal 14 ayat (4) Undang-undang Nomor 31 Tahun 2004 tentang Perikanan menyatakan, bahwa setiap orang dilarang merusak plasma nutfah yang berkaitan dengan sumber daya ikan. Pasal 87 ayat (1) bahwa setiap orang dengan sengaja merusak plasma nutfah dipidana penjara paling lama 2 tahun dan denda paling banyak Rp1.000.000.000,00, sedangkan ayat (2) bahwa setiap orang karena kelalaiannya di wilayah pengelolaan perikanan Republik Indonesia mengakibatkan rusaknya plasma nutfah dipidana dengan penjara paling lama 1 tahun dan denda paling banyak Rp 500.000.000,00. Namun dalam pelaksanaanya di Aceh tidak pernah di berikan sanksi pidana penjara dan penerapan sanksi tidak berjalan sebagai mana mestinya. Penulisan skripsi ini bertujuan untuk menjelaskan penerapan sanksi pidana kepada pelaku perusakan plasma nutfah yang berkaitan dengan perikanan belum diterapkan dan hambatan dan upaya dalam menangani terjadinya perusakan plasma nutfah yang berkaitan dengan perikanan. Pengumpulan data dalam penelitian ini dilakukan dengan penelitian kepustakaan dan penelitian lapangan. Penelitian kepustakaan dilakukan dengan mempelajari peraturan perundang-undangan yang ada relevansinya dengan masalah yang di bahas dalam skripsi ini, sedangkan penelitian lapangan dilakukan dengan mewawancarai responden dan informan. Hasil penelitian menunjukan bahwa sanksi pidana tidak diterapkan karena yang pertama kurangnya kesadaran penegak hukum, kedua masih bisa diselesaikan secara adat maupun dengan cara pembinaan dan peringatan ketiga tidak adanya laporan tentang terjadinya pelanggaran tentang perusakan plasma nutfah yang berkaitan dengan perikanan. Hambatan dalam mengupayakan penanganan terjadinya perusakan plasma nutfah yaitu tidak terjangkau untuk dilakukan pengawasan disemua perairan, lemahnya koordinasi antara instansi yang menangani kerusakan plasma nutfah dan kurangnya informasi/pelaporan dari masyarakat, dan tidak tersedianya sarana dan prasarana di perairan darat sedangkan upaya dalam menangani terjadinya perusakan plasma nutfah yaitu upaya perbaikan, pencegahan dan pengamanan. Disarankan agar penerapan sanksi pidana terhadap pelaku perusakan plasma nutfah pelaku dapat diterapkan sanksi pidana dan di proses melalui pengadilan, tidak hanya memberikan peringatan dan teguran kepada pelaku dan terhadap penegak hukum berupaya mencegah terjadinya perusakan plasma nutfah.