Latar Belakang: Status gizi adalah keadaan tubuh sebagai akibat konsumsi makanan dan penggunaan zat-zat gizi. Salah satu faktor yang mempengaruhi status gizi adalah pola makan. Tujuan penelitian adalah untuk mengetahui perbedaan dampak pola makan terhadap status gizi remaja di MAS Pesantren Nurul Islam dengan MAN Kutacane Kabupaten Aceh Tenggara. Metode: Jenis penelitian adalah studi perbandingan dengan desain cross sectional. Pengambilan data 30 November 2012 sampai 7 Februari 2013, dengan mengisi kuisioner, pengukuran tinggi badan dan penimbangan berat badan terhadap semua responden. Data dianalisis secara univariat dan bivariat. Data bivariat dianalisis dengan uji Fisher’s Exact dan uji Mann-Whitney. Hasil: Selama penelitian didapatkan sebanyak 80 responden di MAS dan 87 responden di MAN, responden di MAS terdiri dari 37 orang laki-laki dan 43 orang perempuan, sedangkan di MAN 40 orang laki-laki dan 47 orang perempuan. Pola makan benar di MAS 81,2%, sedangkan di MAN adalah 90,8%. Status gizi normal di MAS 83,8 %, sedangkan di MAN adalah 86,2%. Hasil analisis Fisher’s Exact hubungan antara pola makan dengan status gizi remaja di MAS dan MAN (p = 0,000, RP: 4,9 (CI: 1,788–13,552) di MAS dan RP: 7,4 (CI: 1,197-46,915) di MAN). Analisis Mann-Whitney pada perbedaan dampak pola makan terhadap status gizi remaja di MAS dengan MAN (p = 0,000). Kesimpulan: Terdapat hubungan antara pola makan dengan status gizi remaja di MAS dan MAN. Dan terdapat perbedaan dampak pola makan terhadap status gizi remaja di MAS dan MAN. Kata kunci: Pola makan, Status gizi, Remaja