Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi bakteri Staphylococcus aureus pada preputium dan vagina kuda. Sebanyak 10 sampel kuda yang terdiri dari 5 swab preputium dan 5 swab vagina berumur 3-9 tahun yang berada di Desa Belang Bebangka, Gelelungi, Reloop dan Kelapeng Kecamatan Pegasing Kabupaten Aceh Tengah. Swab preputium dan vagina kuda dicelupkan ke dalam tabung reaksi yang berisi Nutrient Broth (NB). S. aureus diidentifikasi pada media Manitol Salt Agar (MSA). Koloni terpisah yang berwarna kuning cerah pada media tersebut diuji pewarnaan Gram, hemolisis, katalase dan uji gula-gula (manitol dan glukosa). Hasil menunjukan bahwa isolat yang tumbuh pada MSA adalah koloni berwarna kuning cerah, bersifat Gram positif, β-hemolisis, katalase positif. Isolat tersebut memfermentasi manitol dan glukosa. Isolat yang diidentifikasi dari preputium dan vagina kuda menunjukkan karakter dari S. aureus. Kami menyimpulkan bahwa bakteri S. aureus positif teridentifikasi disemua swab sampel pada preputium dan vagina kuda.