Skeletonema costatum merupakan salah satu pakan alami yang digunakan hampir di seluruh unit pembenihan di Indonesia. Fitoplankton ini pertumbuhannya cepat dan cocok untuk pakan larva udang windu. Media kultur merupakan salah satu faktor yang penting untuk pertumbuhan mikroalga. Media kulit udang dan urine manusia merupakan salah satu alternatif media alami yang dapat digunakan untuk kultur Skeletonema costatum. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pengaruh penggunaan kulit udang dan urine manusia sebagai biofertilizer dengan dosis yang berbeda terhadap kepadatan sel Skeletonema costatum. Penelitian ini menggunakan Rancangan Acak Lengkap (RAL) dengan 7 perlakuan yaitu A(0 ppm + 0 ppm) = Kontrol, Perlakuan B(0 ppm + 60 ppm) = Pupuk kulit udang + urine manusia, Perlakuan C(12 ppm + 48 ppm) = Pupuk kulit udang + urine manusia, Perlakuan D(24 ppm +36 ppm) = Pupuk kulit udang + urine manusia, Perlakuan E(36 ppm +24 ppm) = Pupuk kulit udang + urine manusia, Perlakuan F(48 ppm +12 ppm) = Pupuk kulit udang + urine manusia, G(60 ppm +0 ppm) =Pupuk kulit udang + urine manusia. Masing-masing perlakuan dilakukan dengan 3 kali pengulangan. Data yang diperoleh dianalisa menggunakan ANOVA dan dilanjutkan dengan uji Duncan’s. Hasil penelitian menunjukkan bahwa perlakuan B 60 ppm urine manusia tanpa penambahan kulit udang merupakan konsentrasi optimal dalam penelitian ini terhadap laju pertumbuhan Skeletonema costatum dengan jumlah kepadatan sel rata-rata sebesar 668.167 sel/ml pada jam ke-36. Perlakuan G 60 ppm kulit udang tanpa penambahan urine manusia, diperoleh bahwa nilai rata-rata kepadatan mencapai 0 sel/ml. Oleh karena itu dapat disimpulkan urine manusia lebih efektif dijadikan pupuk dalam kultur Skeletonema costatum dari pada kulit udang. Kata kunci: Skeletonema costatum, Kulit udang dan Urine manusia