ABSTRAK Kata Kunci: Perkembangan, HUDA, Dayah, Penelitian ini berjudul “Perkembangan Himpunan Ulama Dayah Aceh (HUDA), 1999-2013” dengan mengangkat masalah bagaimana latar belakang lahirnya HUDA, bagaimana hubungan HUDA dengan pemerintah, MPU, PB Inshafuddin, dan MUNA, apa saja kontribusi dan kendala HUDA dalam menjalankan roda organisasi, 1999-2013. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis latar belakang lahirnya HUDA, hubungan HUDA dengan pemerintah, MPU, PB Inshafuddin, dan MUNA, serta kontribusi dan kendala HUDA dalam menjalankan roda organisasi, 1999-2013. Penelitian ini menggunakan pendekatan Kualitatif. Adapun jenis penelitian yang penulis gunakan adalah metode sejarah di mana metode ini adalah metode yang biasa digunakan. Untuk langkah awal yaitu menentukan tema atau topik yang akan diteliti. Teknik pengumpulan data dilakukan dengan cara melakukan observasi secara langsung tempat yang akan diteliti, kemudian dokumentasi dilakukan dengan cara mengumpulkan data melalui melihat dan menulis arsip- arsip yang diperoleh, dan yang terakhir ialah melakukan wawancara dengan narasumber yang telah ditargetkan. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa lahirnya HUDA disebabkan karena konflik berkepanjangan antara Gerakan Aceh Merdeka (GAM) dengan Pemerintah Republik Indonesia yang tidak menunjukkan ke arah penyelesaian sehingga ulama harus bersatu untuk ikut terlibat penyelesaian konflik ini. Dalam perkembangannya, HUDA membangun kerja sama dengan pemerintah sebagai mitra kritis untuk mengawal kebijakan dan perencanaan yang dikeluarkan, hubungan HUDA dengan MPU sebagai mitra dalam menyikapi berbagai persoalan yang terjadi di tengah-tengah masyarakat dan anggota HUDA sebagian adalah anggota MPU. Sedangkan hubungan dengan organisasi keulamaan lain di Aceh hanya bersifat profesional kelembagaan karena setiap organisasi memiliki arah perjuangan yang berbeda-beda. Selama berdiri sebagai sebuah organisasi, HUDA banyak memberikan dan mencurahkan pemikiran, saran, pendapat, serta rekomendasi kepada pemerintah maupun masyarakat. Dalam menjalankan roda organisasi, HUDA mendapatkan banyak hambatan di antaranya masalah finansial, sumber daya manusia dan juga rutinitas pengurus HUDA yang padat.