Penelitian ini mengenai analisis kualitas perairan berdasarkan parameter kimia, fisika dan biologi di perairan Waduk Pusong Kota Lhokseumawe yang telah dilakukan pada bulan Juli sampai Agustus 2014. Metode sampling yang digunakan adalah purposive sampling untuk memilih lima stasiun pengamatan, pengambilan sampel dilakukan sekali tanpa pengulangan. Hasil penelitian menunjukkan bahwa parameter nitrat, fosfat, TDS, dan TSS dari seluruh titik sampling melebihi nilai ambang batas berdasarkan Baku Mutu : Kep.Men. LH No.51 Tahun 2004 tentang persyaratan kualitas air laut. Kelimpahan fitoplankton berkisar antara 175,03 ind/l – 360,36 ind/l dan terdapat 4 kelas fitoplankton yang terdiri dari kelas Bacillariophyceae (55,1%), kelas Chlorophyceae (24,5%), kelas Chrysophyceae (11,9%) dan kelas Dinophyceae (8,5%). Kata kunci : waduk, kualitas perairan, kelimpahan fitoplankton, baku mutu.