ABSTRAK Batuk merupakan suatu refleks pertahanan tubuh yang berfungsi untuk mengeluarkan benda asing dari saluran pernapasan. Lingkungan yang kurang bersih dan padat dapat menjadi tempat berkembang biaknya mikroorganisme yang dapat menjadi pemicu gejala batuk. Pesantren dengan sanitasi yang kurang baik dapat menjadi kemungkinan terjadinya batuk. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui hubungan keluhan batuk dengan lama tinggal di pesantren pada santri di Aceh Besar dan Banda Aceh. Penelitian ini bersifat analitik observasional dengan pendekatan cross sectional. Metode pengambilan sampel dilakukan dengan teknik stratified random sampling. Penelitian dilakukan dengan menggunakan kuesioner Leicester Cough Questionnaire (LCQ). Selama penelitian berlangsung yaitu dari 6 Januari s.d 10 Januari 2015, terkumpul sebanyak 144 subjek yang terdiri dari 69 laki-laki dan 75 perempun. Data dianalisa dengan uji chi square. Disimpulkan bahwa terdapat hubungan antara keluhan batuk dengan lama tinggal di pesantren (p = 0,005). Kata kunci : Batuk, Leicester cough questionnaire, pesantren.